De Protestantse Gemeente te Leeuwarden bestaat uit drie wijkgemeenten: De Jacobijner, De Fontein en Camminghaburen.
De Protestantse Gemeente te Leeuwarden wordt bestuurd door de Algemene Kerkenraad. De leden zijn ambtsdragers van de verschillende wijkgemeentes en de dominees van de wijken.
De belangrijkste organen naast de Algemene Kerkenraad zijn het College van Kerkrentmeesters en het College van Diakenen.
Het dagelijks beheer van de kerkgebouwen is gedelegeerd aan Beheer Kerkgebouwen Leeuwarden, dat werkt onder supervisie van het College van Kerkrentmeesters.
Het secretariaat en de financiële adminstratie van de Protestantse Gemeente te Leeuwarden wordt gevoerd door het Kerkelijk Bureau.
